一、基本信息
杨平仿，博士，教授，博士生导师
电子邮件：yangpf@hubu.edu.cn
研究领域：植物蛋白质组学、水稻种子萌发调控机理、水稻抗逆分子遗传学
二、教育背景
2002、9-2005、6 中国科学院植物研究所，博士
1999、9-2002、7 华中农业大学，硕士
1993、9-1997、7 西北农林科技大学，学士
三、工作经历
2018.10 至今 必赢集团网站，教授
2010.1-2018.9 中国科学院武汉植物园，“百人计划”研究员
2007.3-2009.12 美国密西根州立大学，博士后
2005.11-2007.2 香港科技大学，访问学者
2005.7-2005.11 中科院植物研究所，实习研究员
四、主持科研项目
国家项目：
自然基金面上项目：水稻种子萌发过程中赤霉素信号传递所介导的蛋白质磷酸化级联反应及其功能分析（31671775），64万，2017年1月—2020年12月，主持
自然基金面上项目：水稻种子萌发过程中参与赤霉素信号传递的关键转录因子挖掘与功能分析（31271805），84万，2013年1月——2016年12月，主持
自然科学基金重大项目：葡萄种质资源抗旱寒评价及其抗性基因挖掘与利用（31130047），200万，2012年1月-2016年12月，参与
科技部重大基础专项：水稻功能基因组：水稻磷酸化蛋白质组平台建设，2016年1月——2020年12月，67万，子课题负责人
科技部外国专家项目：节水抗旱稻遗传机理及新种质创制（QN2022027002L），2022-2024年，30万，主持
中国科学院项目：
中科院知识创新项目：资源植物繁殖的分子机理，300万，2011年1月——2013年12月，主持
中科院重要方向项目：莲经济性状的评价，50万，2011年1月——2013年12月，主持
中科院重要方向项目：莲生物学与遗传育种研究，170万，2014年1月——2017年12月，主持
中科院海外科教基地项目：非洲与亚洲地区水稻抗非生物胁迫的转录组及蛋白质组研究，220万，2013年1月——2015年12月，主持
中科院海外科教项目：中国主要水稻栽培品种在非洲地区的品比实验与示范种植，130万，2016年1月——2020年12月，主持
湖北省项目：
湖北省技术创新计划项目：耐密高产轻简节水抗旱稻新种质创制，100万，2024-2027，主持
湖北省教育厅“水稻节水抗旱的遗传机理与新种质创制”创新团队，20万，2022-2024，主持
五、代表性论文（#第一作者; *通讯作者）
Yang W, Zhang L, Yang Y, Xiang H, Yang P*. (2024) Plant secondary metabolites-mediated plant defense against bacteria and fungi pathogens. Plant Physiology and Biochemistry 217:109224.
Ma Z, Lv J, Wu W, Fu D, Lü S, Ke Y, Yang P*. (2023) Regulatory network of rice in response to heat stress and its potential application in breeding strategy. Mol Breeding 43(9):68.
Li Q, Gao L, Yu F, Lü S, Yang P*. (2023) Evolution and diversification of CaM/CML gene family in green plants. Plant Physiology and Biochemistry 202:107922.
Qi H, Yu F, Deng J, Zhang L, Yang P*. (2023) The high-quality genome of lotus reveals tandem duplicate genes involved in stress response and secondary metabolites biosynthesis. Horticulture Research 10(5):uhad040.
Liao M, Ma Z, Kang Y, Zhang B, Gao X, Yu F, Yang P*, Ke Y. (2023) ENHANCED DISEASE SUSCEPTIBILITY 1 promotes hydrogen peroxide scavenging to enhance rice thermotolerance. Plant Physiology 26:kiad257
Deng J, Su M, Zhang X, Liu X, Damaris RN, Lv S, Yang P*. (2023) Proteomic and metabolomic analyses showing the differentially accumulation of NnUFGT2 is involved in the petal red-white bicolor pigmentation in lotus (Nelumbo nucifera). Plant Physiology and Biochemistry 198:107675.
Yu F, Qi H, Gao L, Luo S, Njeri Damaris R, Ke Y, Wu W, Yang P*. (2023) Identifying RNA Modifications by Direct RNA Sequencing Reveals Complexity of Epitranscriptomic Dynamics in Rice. Genomics Proteomics Bioinformatics 10:S1672-0229(23)00034-7.
He D, Rao X, Deng J, Damaris RN, Yang P*. (2023) Integration of metabolomics and transcriptomics analyses investigates the accumulation of secondary metabolites in maturing seed plumule of sacred lotus (Nelumbo nucifera). Food Research International 163:112172.
Li M, Zhang H, He D, Damaris RN, Yang P*. (2022) A stress-associated protein OsSAP8 modulates gibberellic acid biosynthesis by reducing the promotive effect of transcription factor OsbZIP58 on OsKO2. Journal of Experimental Botany 73(8):2420-2433.
He D, Li M, Damaris RN, Bu C, Xue J, Yang P (2020) Quantitative ubiquitylomics approach for characterizing the dynamic change and extensive modulation of ubiquitylation in rice seed germination. Plant Journal. 101(6):1430-1447.
Zhang H, Li M, He D, Wang K, Yang P (2020) Mutations on ent-kaurene oxidase 1 encoding gene attenuate its enzyme activity of catalyzing the reaction from ent-kaurene to ent-kaurenoic acid and lead to delayed germination in rice. PLoS Genetics 16(1):e1008562.
Zhang Y, Nyong’A TM, Shi T, Yang P (2019) The complexity of alternative splicing and landscape of tissue-specific expression in lotus (Nelumbo nucifera) unveiled by Illumina- and single-molecule real-time-based RNA-sequencing. DNA Research 206, 301-311.
Huang L, Yang M, Li L, Li H, Yang D, Shi T, Yang P (2018) Whole genome re-sequencing reveals evolutionary patterns of sacred lotus (Nelumbo nucifera). Journal of Integrative Plant Biology 60(1): 2-15. (封面论文)
Liu Y, Damaris RN, Yang P (2017) Proteomics analysis identified a DRT protein involved in arsenic resistance in Populus. Plant Cell Reports, 36(12): 1855-1869.
Wang K, Wang X, Li M, Shi T, Yang P* (2017) Low genetic diversity and functional constraint of miRNA genes participating pollen–pistil interaction in rice. Plant Molecular Biology, 95: 89-98.
Shi T, Wang K, Yang P* (2017) The evolution of plant microRNAs: insights from a basal eudicot sacred lotus. The Plant Journal 89, 442–457.
He D, Wang Q, Li M, Damaris RN, Yi X, Cheng Z, Yang P* (2016) Global proteome analyses of lysine acetylation and succinylation reveal the widespread involvement of both modification in metabolism in the embryo of germinating rice seed. Journal of Proteome Research 15: 879-890.
Li M, Wang K, Li S, Yang P* (2016) Exploration of rice pistil responses during early post-pollination through a combined proteomic and transcriptomic analysis. Journal of Proteomics 131: 214-226.
Liu Y, Chaturvedi P, Fu J, Cai Q, Weckwerth W, Yang P* (2016) Induction and quantitative proteomic analysis of cell dedifferentiation during callus formation of lotus (Nelumbo nucifera Gaertn.spp. baijianlian). Journal of Proteomics 131: 61-70.
Deng J, Fu Z, Chen S, Damaris RN, Wang K, Li T, Yang P* (2015) Proteomic and epigenetic analyses of lotus (Nelumbo nucifera) petals between red and white cultivars. Plant & Cell Physiology 56:1546-1555.
Wang K, Deng J, Damaris R, Yang M, Xu L, Yang P* (2015) LOTUS-DB: an integrative and interactive database for Nelumbo nucifera study. Database bav023.
Han C, Yang P* (2015). Studies on the molecular mechanisms of seed germination. Proteomics 15:1671-1679.
Han C, He D, Li M, Yang P* (2014) In-depth proteomic analysis of rice embryo reveals its important roles in seed germination. Plant & Cell Physiology 55, 1826–1847. （期刊重点推荐highlight论文）
Wang K, Zhao Y, Li M, Gao F, Yang MK, Wang X, Li S, Yang P* (2014) Analysis of phosphoproteome in rice pistil. Proteomics 14, 2319-2334.
Han C, Wang K, Yang P* (2014) Gel-based comparative phosphoproteomic analysis on rice embryo during germination. Plant & Cell Physiology 55, 1376-1394.
Han C, Yang P*, Sakata K, Komatsu S (2014) Quantitative proteomics reveals the role of protein phosphorylation in rice embryos during early stages of germination. Journal of Proteome Research 13, 1766-1782.
Liu Y, Li M, Han C, Wu F, Tu B, Yang P* (2013) Comparative proteomic analysis of rice shoots exposed to high arsenate. Journal of Integrative Plant Biology 55, 965-978.
Komatsu S, Han C, Nanjo Y, Altaf-Un-Nahar M, Wang K, He D, Yang P* (2013) Label-free quantitative proteomic analysis of abscisic acid effect in early-stage soybean under flooding. Journal of Proteome Research 12, 4769-84.
Deng J, Chen S, Yin X, Wang K, Liu Y, Li S, Yang P * (2013) Systematic qualitative and quantitative assessment of anthocyanins, flavones and flavonols in the petals of 108 lotus (Nelumbo nucifera) cultivars. Food Chemistry 139, 307-312.
Li M, Sha A, Zhou X, Yang P* (2012) Comparative proteomic analysis of soybean (Glycine max) pistils during pollination. Sexual Plant Reproduction 25, 281-291.
He D, Han C, Yang P* (2011) Gene expression profile changes in germinating rice. Journal of Integrative Plant Biology 53, 835-844.
He D, Han C, Yao J, Shen S, Yang P* (2011) Constructing the metabolic and regulatory pathways in germinating rice seeds through proteomic approach. Proteomics 11, 2693-2713.
第一（或共同第一）作者论文：
Quan S#, Yang P#, Cassin-Ross G, Kaur N, Switzenberg R, Aung K, Li J, Hu J (2013) Proteome analysis of peroxisomes from etiolated Arabidopsis seedlings identifies a peroxisomal protease involved in β-oxidation and development. Plant Physiology 163, 1518-1538. (共同一作)
Chi F#, Yang P#, Han F, Jing Y, Shen S (2010) Proteomic Analysis of Rice Seedlings Infected by Sinorhizobium meliloti 1021. Proteomics 10, 1861-1874. (共同一作)
Wang X#, Yang P#, Liu Z, Liu W, Hu Y, Chen H, Kuang T, Pei Z, Shen S, He Y (2009) Exploring the mechanism of Physcomitrella patens desiccation tolerance through a proteomic strategy. Plant Physiology 149, 1739-1750. (共同一作,)
Wang X#, Yang P#, Gao Q, Liu X, Kuang T, Shen S, He Y (2008) Proteomic analysis of the high-salinity stress in Physcomitrella patens. Planta 228, 167-177 (Co-first author)
Yang PF#, Li XJ, Wang X, Chen H, Shen S (2007) Proteomic Analysis of Rice Seeds during Germination. Proteomics 7, 3358-3368.
Yang P#, Chen H, Liang Y, Shen S (2007) Proteomic Analysis of de-etiolated Rice Seedlings upon exposure to light. Proteomics 7, 2459-2468.
Yang P#, Liang Y, Shen S and Kuang T (2006) Proteome study of rice uppermost internodes at the milk stage. Proteomics 6, 3330-3338. （封面论文）
Yang P#, Li X, Jing YX, Liang Y, Shen SH and Kuang TY (2006) Proteomic analysis of the response of Liangyoupeijiu (a super high-yield hybrid rice) seedlings to cold stress. Journal of Integrative Plant Biology 48, 945-951.
Yang P#, Shen S and Kuang T (2006) A Comparative Analysis of the Endosperm Proteins Separated by Two-dimensional Electrophoresis for two Cultivars of hybrid Rice (Oryza sativa L.). Journal of Integrative Plant Biology 48, 1028-1033.
